Офіційно пошукову машину Яндекс анонсували на виставці Softool 23 вересня 1999. Серед основних відмінних рис yandex.ru на той момент були перевірка унікальності документів (виняток копій у різних кодуваннях), облік морфології російської мови (у тому числі і пошук за точною словоформою), пошук з урахуванням відстані (у тому числі в межах абзацу, точне словосполучення), ретельно розроблений алгоритм оцінки релевантності, що враховує не тільки кількість слів запиту, знайдених в тексті, але і “контрастність” слова (його відносну частоту для даного документа), відстань між словами, і положення слова в документі.
Буквально через два місяці, у листопаді 1997, Yandex дав відповідь на перший запит.
Сама компанія «Яндекс» утворилася у 2000 акціонерами CompTek – компанії, що створила і протягом довгого часу розвивала проект Яndex.
Головна відмінна риса Яндекса – можливість точної настройки пошукового запиту, що реалізована за рахунок гнучкої мови запитів.
Саме слово Яндекс придумали у 1993, а публічно його виголосили у 1996 і означало тоді не компанію і не пошукову машину, а технологію пошуку на власному сервері та морфологічну приставку до пошукової системи Altavista.com.